1991-ից ի վեր անկախություն ստացած Հայաստանում անցկացված խորհրդարանական ընտրություններից միակը, որը հանրային ընկալման առումով համարվեց համեմատաբար ազատ և անկախ, կարելի է համարել 1999-ի մայիսի 30-ին կայացած խորհրդարանական ընտրությունները՝ չնայած տեղ գտած թերություններին ու ընտրացուցակներում առկա բազմաթիվ անճշտություններին։ Հազարավոր մարդիկ ուղղակի չէին ներառված ընտրացուցակներում:
Խորհրդարանում տեղերի թիվը 190-ից նվազեցվել էր 131-ի` 75 մեծամասնական և 56 համամասնական: Ընտրություններում հաղթեց Վազգեն Սարգսյանի և Կարեն Դեմիրճյանի ձևավորած «Միասնություն» դաշինքը, որին մաս էին կազմում Հանրապետականը՝ ՀՀԿ-ն, և նորաստեղծ Հայաստանի ժողովրդական կուսակցությունը՝ 41,69 տոկոս։
Հինգ տոկոսի արգելքը հաղթահարեցին ևս 5 կուսակցություն և դաշինք. Հայկոմկուս` 12,09 տոկոս, «Իրավունք և միաբանություն» դաշինք` 7,96, ՀՅԴ` 7,86, «Օրինաց երկիր» ` 5,28, ԱԺՄ` 5,17 տոկոս:
Ընտրություններն անցան հանդարտ, բայց նաև խանդավառ պայմաններում։ Ժողովրդի մի ստվար հատված հույսը կապում էր Դեմիրճյանի և Սարգսյանի հետ, «Միասնություն» դաշինքի նախընտրական նշանաբանն էր․ «Կառուցենք և պաշտպանենք»․ կառուցողը Դեմիրճյանն էր, պաշտպանողը՝ Սարգսյանը։
1999-ի հունիսի 10-ին բացվեց Ազգային ժողովի առաջին նստաշրջանը: Ազգային ժողովի նախագահ ընտրվեց Կարեն Դեմիրճյանը, իսկ տեղակալներ՝ Ալբերտ Բազեյանը և Ռուբեն Միրոյանը: Բազեյանի քաղաքապետ նշանակվելուց հետո` 1999թ. սեպտեմբերի 13-ին, Ազգային ժողովի նախագահի տեղակալ ընտրվեց Յուրի Բախշյանը:
1999թ. հոկտեմբերի 27-ին` Ազգային ժողովի եռօրյայի վերջին օրվա նիստին` Ազգային ժողով-կառավարություն հարցուպատասխանի ընթացքում, խորհրդարանի նիստերի դահլիճ ներխուժեցին հինգ զինված անձինք և կրակ բացեցին Ազգային ժողովի պատգամավորների ու կառավարության անդամների վրա: Զոհվեցին Ազգային ժողովի նախագահ Կարեն Դեմիրճյանը, վարչապետ Վազգեն Սարգսյանը, Ազգային ժողովի նախագահի տեղակալներ Յուրի Բախշյանը և Ռուբեն Միրոյանը, պատգամավորներ Միքայել Քոթանյանը, Հենրիկ Աբրահամյանը, Արմենակ Արմենակյանը, օպերատիվ հարցերի նախարար Լեոնարդ Պետրոսյանը:
1999թ. հոկտեմբերի 27-ի ոճրագործությունից հետո Ռոբերտ Քոչարյանի հրամանագրով նոյեմբերի 2-ին գումարված Ազգային ժողովի արտահերթ նստաշրջանում ընտրվեց Ազգային ժողովի նոր ղեկավարություն: Ազգային ժողովի նախագահ ընտրվեց Արմեն Խաչատրյանը, իսկ տեղակալներ՝ Տիգրան Թորոսյանը և Գագիկ Ասլանյանը:
Հայաստանում միայն մեկ անգամ՝ 2003-ին են նախագահական և խորհրդարանական ընտրությունները անցկացվել նույն տարվա ընթացքում: Նախագահի ընտրության համար պահանջվեց երկու փուլ: Ժողովրդի ընկալման մեջ այդ ընտրությունները համարվել են ամենից անարդարներից մեկը: Ռոբերտ Քոչարյանի` երկրորդ ժամկետով մնալը նախագահի պաշտոնում այն աստիճան էր վիճարկելի, որ Սահմանադրական դատարանը վստահության հանրաքվե անցկացնելու վճիռ կայացրեց:
Քոչարյանի ընտրությունը գրանցման պահից մինչև պաշտպանության նախարար Սերժ Սարգսյանին նախընտրական շտաբի ղեկավար նշանակումն ու երկու փուլերի պաշտոնական արդյունքները վիճարկման թեմա դարձավ ինչպես ընդդիմության ու Հայաստանի քաղաքացիների ստվար հատվածի, այնպես էլ` ընտրությունները դիտարկող միջազգային կառույցների համար:
Քոչարյանի թեկնածությունը պաշտպանողները հիմնականում երեք քաղաքական ուժեր էին՝ ՀՀԿ-ն, Օրինաց երկիրը և ՀՅԴ-ն, որոնք էլ 2003-ի մայիսի 25-ին կայացած խորհրդարանական ընտրությունների արդյունքում ձևավորեցին Հայաստանի պատմության մեջ առաջին կոալիցիան, որի գաղափարը պատկանում էր ՀՅԴ-ին:
Հայաստանի խորհրդարանական ընտրությունները անմիջապես հաջորդեցին կեղծված նախագահական ընտրություններին: Ընդդիմությունը ընտրություններին գնաց հոգնած ու հուսալքված, իսկ հասարակության մի մեծ հատված` հուսախաբ: Հիմնական պայքարը ծավալվեց ոչ միայն իշխանություն-ընդդիմություն հարթությունում, այլ նախագահական ընտրություններում Քոչարյանին աջակցած ուժերի` ՀՀԿ-ի, Օրինաց երկրի և ՀՅԴ-ի միջև:
Այս ընտրությունների ամենաճչացող ապօրինություններից էր այն, որ նախագահական ընտրություններում չորրորդ տեղը զբաղեցրած Արամ Կարապետյանի գրանցումը չեղյալ համարվեց: Պարզվեց, որ Արամ Կարապետյանը վերջին հինգ տարիներին մշտապես չի բնակվել Հայաստանում, թեև նա շաբաթներ առաջ որպես նախագահի թեկնածու մասնակցել էր նախագահական ընտրություններին:
Այս ընտրություններում արձանագրվեց երկու սպանություն Արարատի մարզի Շահումյան գյուղում, երբ տեղի բնակիչներից մեկը ինքնաձիգից կրակահերթ բացեց գյուղի դպրոցում տեղակայված ընտրատեղամասի ուղղությամբ:
Երրորդ գումարման Ազգային ժողովի ընտրություններին (131 պատգամավոր` 75 համամասնական և 56 մեծամասնական ընտրակարգով) մասնակցեցին 21 ուժեր: Հինգ տոկոսի արգելքը հաղթահարեցին 6 կուսակցություն և դաշինք. ՀՀԿ` 23,66 տոկոս, «Արդարություն» դաշինք` 13,71, «Օրինաց երկիր»` 12,6, ՀՅԴ` 11,45, «Ազգային միաբանություն»` 8,91, Միավորված աշխատանքային կուսակցություն` 5,67 տոկոս:
ԵԱՀԿ ԺՀՄԻԳ-ը իր դիտորդական եզրակացության մեջ նշեց, որ ինչպես նախագահական, այնպես էլ խորհրդարանական ընտրությունները չեն համապատասխանել միջազգային չափանիշներին:
2003թ. հունիսի 12-ին բացվեց Ազգային ժողովի առաջին նստաշրջանը: Ազգային ժողովի նախագահ ընտրվեց Արթուր Բաղդասարյանը, նախագահի տեղակալներ՝ Տիգրան Թորոսյանը և Վահան Հովհաննիսյանը: 2006թ. մայիսի 22-ին Արթուր Բաղդասարյանը ներկայացրեց հրաժարական: Հունիսի 1-ին Ազգային ժողովի նախագահ ընտրվեց Տիգրան Թորոսյանը:
Քոչարյանը զբաղեցնում էր նախագահի աթոռը նաև երկու այլ գումարումների խորհրդարանների գործունեության ընթացքում, բայց կարճ ժամանակով: Երբ 1998-ին Լևոն Տեր-Պետրոսյանի հրաժարականից հետո նա զբաղեցրեց Բաղրամյան 26-ը, դեռևս գործում էր 1995-ին ձևավորված խորհրդարանը, որի լիազորությունները շարունակվեցին մինչև 1999-ի մայիս: 2007-ին, երբ հերթական կեղծիքներով ուղեկցված ընտրություններով ձևավորվեց նոր խորհրդարան, Քոչարյանը նախագահ էր և աթոռին մնաց մինչև 2008-ի ապրիլ՝ Մարտի 1-ի արյունահեղությամբ նախագահական իշխանությունը փոխանցելով իր երկար տարիների մարտական և քաղաքական գործընկեր Սերժ Սարգսյանին:
