Պատմության ընթացքում պատմագրությունը ընթացել է եկեղեցու հովանու ներքո, ինչի պատճառով էլ եկեղեցու քննադատության մասին քիչ նյութեր կան:
Ժամանակին Թոմաս Ջեֆերսոնը իր նամակներից մեկում գրել էր եկեղեցու և իշխանության միջև պատի խնդրի մասին: Պատը վերաբերում է բաժանարար գծին, ինչն անհրաժեշտ էր, որպեսզի նրանք երկուստեք չմիջամտեն միմյանց գործերին և չգերազանցեն իրենց լիազորությունները և երբեմն էլ չհամագործակցեն՝ հանուն շահերի համատեղման և անհատի ազատության սահմանափակման:
Պետությունից եկեղեցու տարանջատման խնդիրը բոլոր հասարակություններն էլ ունենում են: Արևմուտքը պետականաշինության գործընթացում հաճախ է կանգնել եկեղեցու կողմից պետական գործերի միջամտության խնդրի առջև, և այս խնդիրը մեծ հաշվով կարողացել է լուծել 1648թ. Վեստֆալյան պայմանագրով, որով եկեղեցին և պետությունը տարանջատվեցին, և միևնույն ժամանակ սահմանափակվեցին եկեղեցու լիազորությունները:
Եկեղեցին հաճախ է միջամտում պետական գործերին՝ ելնելով իր շահերից: Եկեղեցու միջամտությունը պետական գործերին հաճախ է բացասական հետևանքներ ունեցել հայ ժողովրդի համար: Հետաքրքիր օրինակ է եկեղեցի – Պապ թագավոր հակամարտությունը: Երբ Պապ թագավորը վերացրեց տասանորդի հարկերը, գյուղացիներին վերդարձրեց եկեղեցական հողերը և փակեց կուսանոցները, եկեղեցին սկզբից նրան հռչակեց սատանա, հետո էլ աջակցեց նրա դեմ բյուզանդացիների կազմակերպած մահափորձին: Մյուսը Պետրոս Ա Գետադարձի օրինակն է, երբ Պետրոս Ա Գետադարձ կաթողիկոսը ներիշխանական կռիվներում սկսեց միջամտել ներքաղաքական կյանքին, աջակցեց Հովհաննես-Սմբատ Բագրատունուն, և եկեղեցին սկսեց մասնակցել երկիրը կիսելու գործընթացին: Հետագայում Տրապիզոնում Պետրոս Գետադարձը Բյուզանդիայի կայսեր հետ բանակցություններ վարեց և գործարք կնքեց, այնուհետև մասնակցություն ունեցավ Անին բյուզանդացիներին հանձնելու գործում:
Պատմական շատ փաստաթղթերում եկեղեցին ներկայանում է որպես ազգափրկիչ ինստիտուտ, սակայն խնդիրն այն է, որ պատմության ընթացքում եկեղեցին իր ձեռքում է կենտրոնացրել ռեսուրսներ, և պատմագրությունը ընթացել է եկեղեցու հովանու ներքո, որի պատճառով էլ եկեղեցու քննադատության մասին քիչ նյութեր կան մեր պատմագրությունում:
Օսմանյան կայսրության շրջանում հաճախ հայերը թողնում էին հայկական համայնքները, քանի որ եկեղեցու սահմանած հարկերը էլ ավելի էին դժվարացնում կյանքը եկեղեցու կողմից վերահսկվող տարածքներում:
Այսօր ևս Հայ առաքելական եկեղեցին հաճախ միջամտում է պետական գործերին, ինչպես նաև գործարքի մեջ է մտնում պետական ինստիտուտների հետ, որը շատ բացասական արդյունք է ունենում հասարակության համար: Դրա վառ ապացույցն է վերջերս բացահայտված օֆշորային սկանդալը, որի համաձայն՝ վարչապետ Տիգրան Սարգսյանը, Արարատյան թեմի առաջնորդ Նավասարդ արքեպիսկոպոս Կճոյանը և «ադամանդագործ» Աշոտ Սուքիասյանը մասնակցել են Փայլակ Հայրապետյանի ունեզրկմանը: Սա վառ օրինակներից է, թե պետություն-եկեղեցի սերտ գործակցությունը ինչ բացասական արդյունքներ է ունենում հանրության համար:
Այսօր եկեղեցու մասնակցությամբ քանդվում է Երևան քաղաքի կենտրոնը, որպեսզի Գարեգին Բ-ի համար նստավայր կառուցվի Սայաթ Նովա-Աբովյան փողոցների խաչմերուկում: Մեծ գումարներ են ծախսվում նոր եկեղեցիներ կառուցելու համար, մինչդեռ երկրի քաղաքացիների 35 տոկոսը ապրում է աղքատության մեջ: Քաղաքի կենտրոնը քանդելու գործում մեծ դերակատարություն ունի նաև իշխանությունը, և սա իշխանություն-եկեղեցի սերտ փոխգործակցության արդյունք է, որը աշխատում է հանրության դեմ:
Եկեղեցու և իշխանության տարանջատումը բխում է հանրության շահերից: Հանրությունը պետք է ամեն ինչ անի, որպեսզի եկեղեցին և իշխանությունը փոխադարձ շահերով չհամագործակցեն և միջամտեն միմյանց գործերին, ինչը հիմնականում աշխատում է հանրության դեմ: Ինչպես պատմական փորձը և ներկայիս ներքաղաքական զարգացումներն են հուշում, պետք է ամեն ինչ անել, որ եկեղեցու ու իշխանության միջև պատը բարձր լինի, որպեսզի հանրությունը ոչ միայն կարողանա զարգանալ, այլ նաև հնարավորինս քիչ ականատես լինի օֆշորային սկանդալների:
