Նախարարության եզրակացությունում, մասնավորապես, նշվում է, որ ՀՀ կրթության և գիտության նախարարության ու համալսարանի` որպես պետական ոչ առևտևային կազմակերպության միջև առկա են ենթակայության հարաբերությւոններ` համաձայն «Պետական ոչ առևտրային կազմակերպությունների մասին» օրենքի 9-րդ հոդվածի 3-րդ մասի: Բացի այդ, համաձայն այդ դրույթի` կրթության և գիտության նախարարությունը հանդես է գալիս որպես իր ենթակայությանը հանձնված ՊՈԱԿ-ի, տվյալ դեպքում` ԵՊԼՀ-ի կառավարումն իրականացնող` ՀՀ կառավարության լիազորած կառավարման մարմին:
ՀՀ կառավարության` ի դեմս կրթության և գիտության նախարարի (գործատու), և Զոլյանի (աշխատող) միջև 2008 թ. մարտի 17-ին կնքվել է թիվ 134 աշխատանքային պայմանագիրը, որով կողմերի միջև ծագել են աշխատանքային իրավահարաբերություններ: Աշխատանքային իրավահարաբերությունները կարգավորվում են ՀՀ աշխատանքային օրենսգրքով, որն ուղղակիորեն նախատեսում է գործատուի իրավունքը` աշխատողի նկատմամբ կիրառելու կարգապահական պատասխանատվության միջոցներ: Աշխատանքային օրենսգրքին հղում է կատարվում նաև հիշյալ աշխատանքային պայմանագրում (կետ 2.7): «Դրանով միանշանակ փաստվում է ոչ թե վարչաիրավական, այլ «սովորական» աշխատանքային իրավահարաբերությունների առկայության փաստը, հետևաբար, ռեկտորի նկատմամբ կիրառված կարգապահական պատասխանատվության միջոցների, ինչպես նաև այդ հիմքով նրան աշխատանքից ազատելու իրավաչափության հարցն ընդդատյա է ընդհանուր իրավասության դատարանին, այլ ոչ թե վարչական դատարանին, որը քննում է հանրային կամ այլընտրանքային ծառայության անցնելու կամ իրականացնելու հետ կապված վեճերը (ՀՀ վարչական դատավարության օրենսգրքի 8-րդ հոդվածի 1-ին մասի 1-ին կետ): Սուրեն Զոլյանը` որպես աշխատանքային օրենսդրության իմաստով աշխատող, չէր կարող լինել հանրային ծառայող (տես նաև «Հանրային ծառայության մասին» ՀՀ օրենքը): Այս հիմքով նրա և նախարարի միջև վեճը չէր կարող լուծվել վարչական վարույթի շրջանակներում, քանի որ նախարարի հրամանները ոչ թե վարչական ակտեր են, այլ անհատական ակտեր, որոնք ընդունվել են բացառապես աշխատանքային օրենսդրության, աշխատանքային պայմանագրի և ՊՈԱԿ-ների մասին օրենքի շրջանակներում»,-ասված է նախարարության հաղորդագրությունում: